Après de nombreuses hésitations sur sa dédicace, il apparaît acquis au XXIe siècle que le temple est voué au culte de Portunus, dieu romain des ports. Il est en effet situé à proximité du portus Tiberinus, premier port fluvial de Rome, et des entrepôts que ce dernier desservait. Il est probablement édifié vers le IVe siècle av. J.-C. mais il est plusieurs fois restauré ou reconstruit, notamment vers ; c'est à cette date qu'il acquiert son aspect définitif. Il est désaffecté vers la fin de l'Empire romain et converti en église au Moyen Âge, ce qui le préserve de la destruction même si sa décoration connaît de profonds changements. À la Renaissance, il sert de modèle aux architectes qui veulent reproduire les structures antiques. C'est aux XXe et XXIe siècles que plusieurs campagnes de fouilles permettent de mieux comprendre son histoire et son architecture, et de le mettre en valeur dans son environnement.
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