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La Combe d'Ain est une partie du Jura central constituée par une dépression sédimentaire glaciaire et lacustre que traverse l'Ain de Crotenay (au-delà de Champagnole) jusqu'à Largillay-Marsonnay (rive droite de l'Ain) / Barésia-sur-l'Ain et Thoiria (rive gauche), au nord de Moirans-en-Montagne et du barrage de Vouglans.
Orientée du nord au sud comme le Massif jurassien, la Combe d'Ain occupe un territoire assez limité et étroit (25/30 km de long sur 4/6 km de large) qui a été habité dès la préhistoire au Néolithique et utilisé comme lieu de passage et d'implantation tout au long de l'Histoire.
La combe d'Ain représente une réelle unité géographique mais elle ne constitue pas un ensemble administratif : bien que ne comptant qu'une vingtaine de communes de petite taille - pour l'essentiel des villages de quelques centaines d'habitants et la bourgade de Clairvaux-les-Lacs de 1500 habitants - elle se divise en effet du nord au sud entre les cantons de Champagnole, de Clairvaux-les-Lacs, Conliège et Orgelet.