Discussion:BANAL-52

En général

Bonsoir @A1AA1A, je ne vois pas de lien vers BANAL-52 (ni aucune autre souche BANAL) dans l'arbre phylogénétique présenté dans la seconde section de cet article. Du coup, est-il pertinent de présenter cet arbre qui entraîne plutôt de la confusion qu'un éclaircissement? Etant donné que ce serait tout de même intéressant, convient-il de le compléter (et si oui comment)? Olivier LG (discuter) 14 mars 2022 à 18:45 (CET)

Bonjour Olivier LG Ta remarque est pertinente ; j'avais entrepris de mettre à jour ces arbres mais la tâche est ardue (quelle est la partie du génome la plus pertinente — et disponible) et faute de disponibilité suffisante j'ai délaissé ce travail, privilégiant la couverture de l'actualité. J'avais retravaillé {{Cladogramme SARS-CoV-2}} en le basant sur le gène RdRp mis en avant par certains auteurs. On produit des arbres localement différents si on se focalise sur la protéine S ou sur l'ensemble du génome. La publication décrivant le BANAL(-20)-52 (référence 2) ne présente en figure 1B qu'un arbre basé sur l'ensemble du génome. Cet arbre fait ressortir RaTG13 comme plus proche du SARS-CoV-2 que BANAL-52 (groupe frère du clade SARS-CoV-2 + RaTG13) ce qui ne fait pas ressortir visuellement le plus grand pourcentage de proximité indiqué par Marc Gozlan (référence 1). On inverse la situation (BANAL-52 plus proche du SARS-CoV-2) si on cible les fragments 10 (RDP et plus) ou 14 (ORF8 &+) de la figure 2. On peut rester faute de mieux sur le génome entier ; il faut alors retravailler le début de l'arborescence SARS-CoV-2 du {{Cladogramme SARSr-CoV}} (Rc-o319 à pangolin Guangxi et inclure BANAL-52 entre les clades RaTG13 et RmYN02. Il n'y a plus qu'à s'y mettre… --A1AA1A (discuter) 15 mars 2022 à 23:19 (CET)

Bonjour @A1AA1A, est-ce que le plus conforme à l'esprit wikipedia ne serait pas de montrer les différents arbres obtenus avec les différentes cibles, dans ce cas? Olivier LG (discuter) 6 avril 2022 à 17:10 (CEST)

tout en restant synthétique. Il faut bien sûr clairement afficher les références et hypothèses sous-jacentes. Ce travail est à finaliser. Actuellement le temps me manque. --A1AA1A (discuter) 6 avril 2022 à 21:46 (CEST)