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Du fait de sa position de confluent et des nombreuses îles et canaux qu'on y trouvait (île Beaulieu, île Sainte-Anne, île Feydeau, île Gloriette…), Nantes a longtemps été surnommée la Venise de l'ouest. La plupart des canaux et rivières de la rive nord ont été comblés ou recouverts durant la première moitié du XXe siècle, les opérations les plus importantes consistant à partir de 1929 au comblement des deux bras les plus au nord de la Loire (le « bras de la Bourse » et le « bras de l'Hôpital »), ainsi que des quelques centaines de derniers mètres du cours de l'Erdre, déviée désormais par un canal souterrain toujours navigable, aboutissant lui-même dans une portion d'un ancien de bras de la Loire : le canal Saint-Félix.
De nos jours, l'agglomération nantaise est toujours traversée par la Loire qui se divise en deux bras enserrant l'île de Nantes : celui de « la Madeleine » (au Nord) et celui de « Pirmil » (au Sud). Outre l'Erdre, elle est également parcourue par la Sèvre Nantaise, la Chézine, le Gesvres et le Cens. On y trouve aussi un certain nombre de ruisseaux, pour la plupart canalisés et désormais généralement souterrains, mais dont certains sont remis en valeur, dans le cadre du réaménagement urbain entraînant la création de nombreux parcs.